全国政协委员、安徽省工商联主席李卫华调研发现，一方面区域性股权交易市场方兴未艾，同时也面临着一些不容忽视的问题。
首先是法律地位不够明确
无论是现行的《公司法》还是《证券法》，都未对区域性股权交易市场进行明确的规范和界定，如何对其监管、如何支持其发展也没有明确的法律规定。目前涉及区域性股权交易市场的相关规定主要是《国务院关于清理整顿各类交易场所切实防范金融风险的决定》，以及证监会2012年第20号公告。
现有的区域性股权交易市场，大多都只能根据地方政府制定的制度运行，缺乏统一的标准，从而制约了其健康快速发展。
其次是市场竞争不够有序
全国已开业的32家区域性股权交易场所，均没有明确统一的市场监管模式、主体和内容。各地政府及各家区域性股权交易市场往往从自身利益出发，自定市场准入条件、交易规则制度。
由于在市场运行机制、挂牌企业准入门槛等方面的差异较大，加之各市场主体大多有跨区域经营的冲动，纷纷降低条件面向全国企业开放，在市场功能定位相近的情况下，容易出现盲目降低投资和挂牌门槛、操纵价格等无序竞争的情况，阻碍了各区域性交易市场的有序发展。
再者是市场机制不够健全
区域性股权交易市场与全国股转系统之间尚未形成互通机制，没有建立“转板便捷通道”，影响了场外市场整体效率。同时，各地区域性股权交易市场建设各自的交易系统，尚未形成互联互通，无法给投资者提供便捷的信息渠道。
第四是监管体系不够完善
目前，区域性股权交易市场实行各省级政府监管和企业自律监管为主的监管制度，监管制度不统一，监管体制面临着一定的风险。
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