走下神坛
2011年6月，支付宝事件爆发。
这源于马云将支付宝的所有权转让给他控股的另一家中国内资公司，而阿里巴巴集团的大股东雅虎表示，马云并没有事先征得股东们同意。
国内外多数主流媒体在这次事件中评论马云是一个不守诚信、缺乏契约精神的人。此举也让本就风雨飘摇的中国概念股在国际资本市场受到牵连，至今仍未完全复苏。
在公众面前，那时的马云扮演了一个夹在政府管制和外资欺凌中的无奈角色。马云一直强调，支付宝股权转让是因为“央行明确规定，外资不能协议控制，必须上报。如果还坚持协议控制，就是知法犯法”。所以，基于对形势的判断，他决定终止协议控制，停止合并报表。结果是，马云不仅以此拿到了政府颁布的第一块支付牌照，同时，开始构建阿里小微金融集团之路。
有人评论，支付宝事件中的政府同样扮演了沉默的配角，成为了马云用来平衡利益和获得公众同情的工具。
马云曾说，阿里巴巴坚持的信念是只和政府谈恋爱，但不结婚。不管阿里巴巴发展多快，绝不与政府做生意。
支付宝事件后，马云和政府部门的关系日益微妙。一方面，他与国有资本越走越近，并在2012年接受了中投公司、博裕资本及国家开发银行的入股;马云还多次向政府部门示好，曾坚持按月将支付宝资金状况的报告上交给央行浙江分行。他甚至保证说，为了国家未来，阿里坚决不做游戏业务。2013年，马云接连被前后三任国务院主要领导接见。
另一方面，马云在金融业不断试探政府底线，并多次试图通过舆论向政府表态。其在余额宝推出之后接受了《人民日报》的采访，毫不客气地批评说：“靠今天这样的机制，我不相信能够支撑30年后中国所需要的金融体系。”
这种反复和两面性，同样体现在他面对股东时，以及与港交所的博弈中。
马云不断强调“客户第一，员工第二，股东第三”，暗示“来了又跑”的股东注定无法给公司创造价值。在谋求上市之际，他对一家内地媒体表示：“这世界上的钱有的是，我不相信找不到相信我们想法的钱。”
在与股东雅虎长达九年控制权之争过程中，作为一名公司CEO，马云关心个人控制力要胜于为股东创造财富。其对控制权的追求直接造成了阿里一度面临何处上市的困局。
马云充分明白香港证券市场对其的渴望，他一方面利用媒体向港交所施压，另一方面创造了一套合伙人制度希望让港交所接受。“没有一家上市公司比制度(程序)还要重要，但马云希望两全其美。”一位投资人说。自始至终，这名商业领袖都有着一套“马云式”的解决方法，世人看穿却无可奈何。
风波之下，2013年5月10日马云选择了退休。这是一个令人意外的战略部署，也让公众接触到了另一个马云。
2013年7月13日，香港《南华早报》发布了一篇专访文章，马云因专访中一段言论而卷入一场“非商业风波”，受到多方攻讦。阿里巴巴公关的声明也表达了自己的困惑：“对某些话题无意触及亦无应对经验，阿里巴巴深感无力。”
学者许知远对此发表评论称，马云的认知表明他和普通人一样，同样是公共价值上的矮人。“不管他们曾代表了多少荣耀，如今这荣耀都备显可疑。”
几天后，马云又被曝光与一名娱乐女星一起去拜访气功大师王林。公众将王林认定为一个江湖骗子，并对马云此举表示很失望。马云并不以为然，其在微博上回应说：“谁都有好奇心。”一名网友在下面评论说，信不信王林都不该受到指责，马云只是凡人，马云累了。
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