“阿里现阶段缺乏像卫哲一样在乱世中拼斗之人，无将才可用，张瑛才会出马救场。”上述高层人士称。
马云对于阿里的管理一直是：极少插手公司内部业务，刻意和业务一线保持距离。同时，建立权力金字塔一样的管理组织架构，并通过不断强化和修正阿里文化、价值观，以此保持控制力。
员工们爱戴马云的原因之一在于，马云在对待外部资本时，对股权锱铢必较，但在内部却给予了员工最大限度的股权分配。在阿里，有三分之一的员工拿到了期权和股票。而在成为阿里小微金融集团时，马云又主动将集团40%的股票许诺给了员工。彭蕾告诉《财经》记者，过去马云经常为了给员工多争取股票而与大股东们激烈争吵。
马云对下属亦是非常宽容。一位员工称，彭蕾信佛，曾经在阿里很忙的时候去云游两周，马云知道只是一笑而过，反赞彭是个“能放得下”的人。云锋基金执行董事李娜则称，马云开会时习惯绕着会议室桌子一圈，边打着太极边讲话，看似闲庭信步，但思维极其清晰。
在企业面临危机时，马云的做法往往是通过思想上的大团结来完成逆转。所以马云才会在内部借“来往”重新凝聚阿里员工，一致对外。
这种做法在过去屡有成效。2001年阿里遭遇寒冬并大举收缩之时，马云的选择是投资100万元做员工培训，并上演了三大运动：延安整风运动、抗日军政大学、南泥湾大生产。其通过统一思想让公司凝聚熬过寒冬。在这个阶段，马云开始提倡阿里的价值观文化，提出了延续至今的“政委文化”和“价值观50%的KPI考核制度”。
有员工评论马云说：“他设立了一个‘企业宗教’，马云就是我们的神。”但这种昔日崇拜之情，如今随着公司内80后、90后越来越多，正在慢慢趋于理性。
多位新加入阿里的员工告诉《财经》，从入职培训开始，他们就被不断告知：要相信自己，要保持质疑，要相信你的上司不一定是正确的。
在阿里内部，现在的管理方式也开始遵循优胜劣汰的竞争机制，一个员工、一个团队要获得成长，必须自己找资源、学会推销自己，别人愿意选择你，才可以活下去。工作满一年的员工还可以自主选择转岗，不受直接上司控制。
一位阿里员工称，在“来往”中有一个名叫“草莓”的扎堆群，1.4万多名阿里员工扎堆在一起公开谈论公司的事务和人事，里面的不少发言都是在评论上级的管理无当和产品的毫无创新。
2014年3月31日，阿里举办Kick Off(项目启动)大会，马云作了一次40分钟的发言，他首次提到了与苹果缔造者乔布斯的会面，他感慨一个人胡子怎么能修得这么精致，桌子上放的纸、铅笔怎么能这么整齐干净，整个公司是一种从内到外的极简文化。
马云说，阿里正在经历一个低潮期，但不是任何一家公司都有幸可以经历低潮。阿里是一家年轻的公司，不靠安慰，不靠鼓励，而是靠自己走出低谷。“我们要坚定不移地认为我们要为未来而战。”
说这话时，马云眼眶含泪。
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